El laboratorio de Física, Química y Biología, es un espacio dónde se desarrollan las diferentes actividades académicas de las asignaturas de Fundamentos de mecánica, Laboratorio de química, Biología, Morfofisiología, Ciencias de la Tierra y Ecología de los primeros semestres del PEAMA que requieren un componente práctico. También se adelantan procesos de investigación como apoyo transversal a los programas académicos de posgrado y para la feria de la ciencia y la tecnología. Se acerca a la comunidad a través de convenios con otras instituciones que requieran adelantar cursos de refuerzo para docentes y para que estudiantes desarrollen componentes prácticos temáticos de las asignaturas cursadas en los colegios de la ciudad de Leticia.

Se hizo oficial la creación a través del acuerdo 038 del año 2018 del Comité Académico Administrativo de la Sede Amazonia. Cuenta con 112 equipos de laboratorio registrados en el sistema de información HERMES, también es un espacio dónde se desarrollan las actividades de mantenimiento preventivo y de calibración/verificación de equipos que lo requieran.

Actualmente está adelantando actividades de monitoreo y control del sistema de potabilización de agua con toma de muestras y análisis fisicoquímicos y microbiológicos.

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